Το χωριό βρίσκεται δυτικά της Αράδαινας σε απόσταση 5 χλμ., σε υψόμετρο 800μ. Ο δρόμος από την Αράδαινα προς τον Άγιο Ιωάννη, περνάει μέσα από ένα πανέμορφο πευκοδάσος, ένα από τα ελάχιστα στην Κρήτη, και προσφέρει μια εξαίσια θέα των νερών του Λιβυκού Πελάγους από μεγάλο ύψος και του ορεινού όγκου των Λευκών Ορέων από τη νότια πλευρά τους. Το χωριό ακολούθησε κι αυτό τη τύχη της Ανώπολης και της Αράδαινας και καταστράφηκε το 1770 και το 1867. Από εδώ, κάποιες οικογένειες αγωνιστών προσπάθησαν να φύγουν προς τα λευκά όρη ή προς το ασφαλές Φαράγγι της Σαμαριάς.
Το 1823 τριάντα δύο ντόπιοι αγωνιστές, απέκλεισαν την έξοδο του Αγίου Ιωάννη προς το Φαράγγι της Σαμαριάς, για το ιππικό των Αιγυπτίων που τους καταδίωκε μετά την τουρκοαιγυπτιακή συμμαχία. Ήρθαν αντιμέτωποι με πολύ στρατό και σκοτώθηκαν όλοι, όμως έδωσαν αρκετό χρόνο στα γυναικόπαιδα των γύρω χωριών να καταφύγουν στην ασφάλεια του φαραγγιού της Σαμαριάς. Ο Άγιος Ιωάννης είναι από τα μικρότερα χωριά των Σφακίων. Είναι ένας τόπος ιδανικός για όσους αγαπούν την φύση και την ορειβασία. Φτάνοντας στον Άη Γιάννη, ο δρόμος τερματίζει και εμφανίζεται ένα πανέμορφο τοπίο που σε καλεί να το περπατήσεις.
Ένα μεγάλο δίκτυο μονοπατιών μπορεί να ικανοποιήσει κάθε επισκέπτη, από τον απλό περιπατητή μέχρι τον απαιτητικό ορειβάτη. Δασωμένα μονοπάτια σας απομακρύνουν από την ανθρώπινη παρέμβαση και σας αφήνουν να γνωρίσετε από κοντά τους αρμονικούς ρυθμούς της φύσης, οδηγώντας σας σε παραλίες και στα φαράγγια της περιοχής και άλλοτε στις ψηλές κορυφές των Λευκών Ορέων. Οι επιλογές είναι πραγματικά πολλές. Ανηφορίζοντας για το μικρό ερειπωμένο κουλέ που βρίσκεται πάνω απ' το χωριό, αρχίζει αργά και σταθερά να ξεδιπλώνεται το τοπίο και να αποκαλύπτεται η γύρω περιοχή, σαν ένας πινάκας πολύχρωμος, που 'χει κλέψει λίγο απ το μαύρο των βουνών, λίγο απ το βαθύ πράσινο των κυπαρισσιών και λίγο απ' το μπλε της θάλασσας, συνθέτοντας μία εικόνα που σε ταξιδεύει στο χώρο και στο χρόνο! Αν και το σημείο που βρίσκεται ο κουλές δεν ξεπερνά τα 1000 μ., η θέα εκτείνεται ανατολικά απ' τα Αστερούσια Όρη στο νότιο Ηράκλειο, ως την Παλαιόχωρα στα δυτικά της Κρήτης!
Στην περιοχή υπάρχουν δύο βυζαντινές εκκλησίες του δέκατου τρίτου αιώνα με τοιχογραφίες αφιερωμένες στον Άγιο Ιωάννη και την Παναγία. Καθώς μπαίνετε στο χωριό από τα δυτικά οι δύο εκκλησίες βρίσκονται στα νότια, κάτω από το δρόμο και οι τοιχογραφίες τους χρονολογούνται από τον 14ο αιώνα. Νότια του χωριού προς την πλευρά της θάλασσας, υπάρχει η βυζαντινή εκκλησία του Αγίου Παύλου στην ομώνυμη παραλία, η οποία κτίστηκε από τον Άγιο Κυρ Γιάννη τον Ερημίτη, σε ανάμνηση της διέλευσης από εκεί του Απόστολου Παύλου όπου σύμφωνα με την παράδοση κατά το ταξίδι του προς τη Ρώμη, βρέθηκε εδώ ναυαγός και βάπτιζε ειδωλολάτρες στην κοντινή πηγή. Εδώ θα σας οδηγήσει μονοπάτι διάρκειας μιας ώρας, με υπέροχη θέα στο απέραντο γαλάζιο της θάλασσας. Στην περιοχή υπάρχουν επίσης μεγάλα σπήλαια. Εδώ θα βρείτε παραδοσιακούς ξενώνες, οι οποίοι λειτουργούν όλο το χρόνο. Η επίσκεψη στον Άη Γιάννη, θα σας μείνει αξέχαστη!