Συνεχίζοντας το δρόμο βόρεια της Ανώπολης και σε απόσταση 3,5 χλμ. βρίσκεται το ερειπωμένο πλέον χωριό. Φτάνοντας στο σημείο ατενίζουμε την σιδερένια γέφυρα η οποία συνδέει τις δυο πλευρές του ομώνυμου φαραγγιού. Η εικόνα είναι μοναδική. Διασχίζοντας την μεταλλική γέφυρα, θα απολαύσετε από ψηλά τις καλλονές του Αραδαινιώτικου φαραγγιού. Η Αράδαινα βρίσκεται στη δυτική πλευρά και στο χείλος του ομώνυμου φαραγγιού, πού χωρίζει το οροπέδιο της Αράδαινας από το οροπέδιο της Ανώπολης, ανατολικά της Αγίας Ρούμελης και κοντά στον Άγιο Ιωάννη σε υψόμετρο 520μ.
Τα ερείπια της Αρχαίας Αραδήν ή Ηραδήν σώζονται στη θέση Πασσόπετρα, κοντά στο σημερινό χωριό, που διασώζει το όνομα. Ήταν αυτόνομη πόλη αφού αναφέρεται ανάμεσα στις 30 κρητικές πόλεις, που υπέγραψαν τη συνθήκη συμμαχίας με τον Ευμένη Β΄της Περγάμου το 183 π.Χ. Η αρχαία νεκρόπολη είναι στη θέση Ξενοτάφι. Λιμάνι της Αράδαινας ήταν ο Φοίνιξ. Πιστεύεται πώς ιδρύθηκε από Φοίνικες αποίκους και το όνομά της συνδέεται με τη φοινική λέξη Aruad που σημαίνει καταφύγιο και ομώνυμη πόλη υπήρχε στη Φοινίκη. Η Αράδαινα μέχρι τους τελευταίους αιώνες της Βενετοκρατίας και τον πρώτο της Τουρκοκρατίας ευημερούσε, γιατί οι κάτοικοί της είχαν επιδοθεί στη ναυτιλία και το εμπόριο.
Το χωριό έγινε αρκετές φορές στόχος των Τούρκων, λόγω της αντίστασής του, καθώς και γιατί εδώ κατασκευάζονταν όπλα. Κατά την επανάσταση του Δασκαλογιάννη εναντίον των Τούρκων το 1770, καταστράφηκε ολοκληρωτικά. Το 1824 απομονώθηκαν στην Αράδαινα ο Σαμιώτης καπετάνιος Χατζή Γεώργης Μανιάτης και ο Αναγνώστης Μανουσέλης με λίγους συντρόφους τους, όπου και σκοτώθηκαν σε μάχη με τους τουρκοαιγυπτίους του Χουσεΐν. Το χωριό αναφέρεται σε αιγυπτιακή απογραφή το 1834. Την ίδια χρονιά ο Pashley αναφέρει ότι υπήρχαν 38 σπίτια και το κύριο προϊόν του χωριού ήταν σιτάρι, κριθάρι και μετάξι. Στις 11/8/1867 οι Κρήτες Οπλαρχηγοί Κωσταράς και Κριάρης Μαντακάκης, με τους Μανιάτες υπό τον Πετροπουλάκη, σε σφοδρή μάχη που έγινε στην Αράδαινα, απέκρουσαν επίθεση 10.000 Τούρκων στρατιωτών του Ρεσίτ Πασά. Το 1881 το χωριό αναφέρεται να ανήκει στο δήμο Αγ. Ιωάννη με 124 κατοίκους. Το 1900 αναφέρεται με 188. Το χωριό εγκαταλείφθηκε τη δεκαετία του 1950 λόγω βεντέτας.
Εδώ βρίσκεται ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου ή Αστράτηγου, ο οποίος κτίστηκε κατά τις αρχές του 14ου αιώνα στη θέση του μεσαίου κλίτους της μίας από τις δύο παλαιοχριστιανικές βασιλικές που υπάρχουν στην έδρα της Επισκοπής ''Φοινίκης δηλαδή Αραδένης''. Διαφέρει από τους υπόλοιπους σταυροειδείς με τρούλο ναούς της Κρήτης, διότι ακολουθεί εκφυλισμένες τάσεις της Ελλαδικής Σχολής ως προς την αρχιτεκτονική του.
Το εικονογραφικό πρόγραμμα περιλαμβάνει όρθιους αγίους χαμηλά και σκηνές από τον ευαγγελικό κύκλο, το συναξάρι των Αρχαγγέλων, το βίο του Αγίου Νικολάου και τη Δευτέρα παρουσία. Ο τοιχογραφικός διάκοσμος χρονολογείται τις πρώτες δεκαετίες του 14ου αιώνα και μπορεί να αποδοθεί με μεγάλη πιθανότητα στο γνωστό ζωγράφο Μιχαήλ Βενέρη. Ο ναός πανηγυρίζει στις 8 Νοεμβρίου. Τα τελευταία χρόνια κάποια σπίτια ανακαινίζονται.
Το εγκαταλελειμμένο σήμερα χωριό, προσφέρεται για ένα ευχάριστο περίπατο μέσα στα στενά μονοπάτια και στα σπίτια του, που είναι χτισμένα σύμφωνα με την παραδοσιακή Σφακιανή αρχιτεκτονική. Στη γέφυρα υπάρχει καλαίσθητη καντίνα. Η σιδερένια γέφυρα που ενώνει τις δύο πλευρές του φαραγγιού, είναι προσφορά των αδελφών Βαρδινογιάννη των οποίων η οικογένεια κατάγεται από τον Άη Γιάννη, ένα χωριό 5 χλμ. δυτικά της Αράδαινας. Η γέφυρα ολοκληρώθηκε το 1986, έχει ύψος 138μ. και είναι η ψηλότερη της Ελλάδος και η δεύτερη της Ευρώπης. Στο μέσον της γέφυρας υπάρχει εξέδρα και σ'αυτήν διεξάγεται το άθλημα του άλματος με ελαστικό σχοινί, bungee jumping. Οι λάτρεις του είδους έχουν τη δυνατότητα για άλματα στο φαράγγι κάθε σαββατοκύριακο, τους μήνες Ιούνιο, Ιούλιο και Αύγουστο. Στη γέφυρα και εάν είστε τυχεροί, θα απολαύσετε τις πτήσεις των γυπαετών barbatus-barbatus. Τα μεγάλα αρπακτικά φωλιάζουν στις απόκρημνες πλαγιές του φαραγγιού. Επίσης στην ανατολική πλευρά του φαραγγιού, τοποθετήθηκε πρόσφατα ταΐστρα για τα πουλιά. Πίσω από την καντίνα, ξεκινά το μονοπάτι καθόδου για το υπέροχο φαράγγι της Αράδαινας, μήκους 7 χλμ., το οποίο μετά από περίπου 3,5-4 μαγευτικές ώρες πεζοπορία, καταλήγει στην όμορφη παραλία Διαλισκάρι ή Μάρμαρα, όπου μπορείτε να απολαύσετε το μπάνιο σας και να 'τσιμπήσετε' στην καντίνα που βρίσκεται εκεί. Στη συνέχεια μπορείτε να μεταβείτε με μικρό σκάφος, είτε με τα πόδια (2 περίπου ώρες) στο Λουτρό και κατόπιν στη Χώρα.