Τα ερείπια της αρχαίας Ανώπολης, εντοπίζονται επάνω στο λόφο της Αγ. Αικατερίνης, στα δυτικά και νοτιοδυτικά του σημερινού ομώνυμου χωριού. Από τη θέση της, εξασφάλιζε πλήρη εποπτεία μεγάλης έκτασης της ξηράς, αλλά και του Λιβυκού πελάγους. Το λιμάνι της, εξασφάλιζε τη θαλάσσια επικοινωνία μεταξύ ανατολής και δύσης, σαν ενδιάμεσος σταθμός. Η Ανώπολη ήταν ανεξάρτητη πόλη και είχε δικό της νόμισμα. Πηγές αναφέρουν, ότι τον 3ο αι. π.Χ. καταλήφθηκε από τη γειτονική Αραδήν και απελευθερώθηκε από το Χαρμάδα, πολίτη της Ανωπόλεως. Σε αυτή τη περίοδο χρονολογείται ίσως και η πρώτη φάση των τειχών της. Το 230 - 210 π.Χ. αναφέρεται σε κατάλογο πόλεων που έστειλαν θεωρούς στους Δελφούς.
Η Ανώπολις μαζί με την Αράδαινα και την Ποικίλασσο, συγκαταλέγονται στις πόλεις που υπέγραψαν τη συνθήκη συμμαχίας των 30 Κρητικών πόλεων, με τον Ευμένη Β' της Περγάμου το 183 π.Χ. Στον οικισμό Ρίζα σώζονται πελασγικά τείχη που ο Pashley τα παρατήρησε σε μήκος 300 βημάτων, πάχους 6 βημάτων και ύψους 5-11 ποδιών. Η Ανώπολη ήταν ονομαστή στους ελληνιστικούς χρόνους και άκμασε κυρίως στη ρωμαϊκή και βυζαντινή περίοδο. Η υδρευσή της γινόταν από δεξαμενές των οποίων σώζονται υπολείμματα. Ο αρχαιολογικός χώρος καλύπτει μία αρκετά μεγάλη έκταση, που περιβάλλεται από ισχυρά τείχη και περιλαμβάνει θεμέλια πολλών οικιών, μία μεγάλη στέρνα και ίσως τα θεμέλια ενός μεγάλου ναού. Αρκετοί τοίχοι σώζονται σε ύψος 1 - 3 μ., οι περισσότεροι κτισμένοι από αδούλευτες πέτρες ενώ μερικοί από γωνιόλιθους. Τα ορατά αρχιτεκτονικά λείψανα φτάνουν στα νότια μέχρι το εκκλησάκι της Αγ. Αικατερίνης, όπου σώζεται και τμήμα του τούρκικου κουλέ.
Στην ευρύτερη περιοχή έχουν εντοπιστεί δύο τρόποι κατοίκησης, κατά γειτονιές και κατά μεμονωμένες αγροικίες. Επίσης έχουν αποκαλυφθεί με σωστικές ανασκαφές, κιβωτιόσχημοι τάφοι της εποχής της ρωμαιοκρατίας (το νεκροταφείο της αρχαίας πόλης τοποθετείται μεταξύ των οικισμών Λιμνιά και Παυλιανά). Το 1988 σε επιφανειακή έρευνα, σε υψόμετρο 600 και 800 μ., ανακαλύφθηκαν λίγες θέσεις της Υστερονεολιθικής/ Πρωτομινωικής περιόδου.